过去人们对大肠内氢气的认识比较肤浅，大部分人认为大肠内氢气属于细菌代谢的废物，对人体并没有什么特殊的影响。随着氢气医学效应的发现，人们逐渐考虑是否可通过诱导大肠细菌产生氢气的方法治疗某些疾病。
最早验证这一设想的是日本医科大学太田成男课题组，他们通过分析健康人口服阿卡波糖（糖尿病治疗药物）后的呼吸气体成分，发现阿卡波糖对甲烷浓度没有影响，但是可以显著提高呼出气中氢气的浓度。早期临床研究曾经发现阿卡波糖具有心脏保护作用，但人们对这种心脏保护作用的分子机制不十分清楚。这个研究发现阿卡波糖能促进肠道菌群制造氢气，结合氢气对心脏疾病具有保护作用的研究可以初步确定，促进大肠细菌产氢可能是阿卡波糖具有心脏保护作用的原因。
氢气医学研究发现，氢气的主要作用是减少氧化损伤和炎症反应，而氧化损伤和慢性炎症是造成机体衰老的重要原因。
日本学者根据这一思路推测肠道产氢能力可能与长寿密切相关，他们选择日本百岁老人群体进行肠道产氢能力检测分析（见图3-2），发现日本百岁老人平均呼出气氢气水平是普通人的3倍以上，提示肠道氢气与长寿可能存在关系。
图3-2百岁老人呼出气的氢气浓度分析(AokiY,)
为观察促进肠道氢气产生是否对疾病有治疗作用，有学者研究诱导肠道菌群产氢（大鼠口服纤维素或抗性淀粉）对肝脏缺血的治疗作用。发现口服纤维素或抗性淀粉可促进肠道氢气产生、减少氧化应激和肝脏损伤程度。以往有研究证明纤维素和抗性淀粉等具有疾病治疗作用但机制不明，这一研究报道从促进大肠氢气产生的角度阐述治疗疾病的原因，是一个比较明确清晰的机制解释。
日本学者光治松本在牛奶中添加低聚半乳糖、麦芽糖醇和葡甘露聚糖等，通过促进肠道菌群产生氢气来实现"功能牛奶"的多重营养效果。美国哈医院的研究人员系统分析大肠内细菌产生的氢气是否具有肝脏保护作用，发现阻断内源性氢气产生后保护作用显著减弱，同时给予外源性氢气或者补充产氢细菌后保护作用可恢复。研究全面证明大肠细菌产生的氢气具有疾病治疗作用。
有研究者比较口服乳果糖（一种低聚果糖，在临床上广泛用于治疗便秘和肝性脑病）、饮用氢水、连续吸入氢气和间歇吸入氢气对帕金森病的治疗效果。研究结果发现，饮用氢水和间歇吸入氢气对帕金森病的治疗作用比较理想，口服乳果糖和连续吸入氢气都不能明显改善帕金森病症状。饮用氢水和间歇吸入氢气使体内氢气浓度发生一过性增加，根据这个研究结果推测，这种一过性增加对某些疾病可能有特殊治疗作用。
年，日本学者研究发现，帕金森病患者肠道菌群产氢能力不到正常人的50%，提示肠道菌群产氢能力不足可能与帕金森病的发生发展有关。孙学军教授课题组发现，服用乳果糖可促进肠道菌群产氢并激活Nrf2抗氧化系统，对大鼠脑缺血再灌注损伤发挥保护作用。这一发现提示临床口服乳果糖治疗肝性脑病的效果可能与促进肠道菌群产氢有关。
潜水医学研究证明氢气对人体十分安全，肠道菌群氢气代谢的系列研究证明氢气属于内源性气体，自然科学对氢气安全性也有统一看法，这些理论组成氢气人体安全性的系统证据。需要提醒读者的是，目前认为氢气的安全性非常高，但不要绝对化，对大多数人安全，不等于对所有人都同样安全;今天没有发现副作用不等于绝对不存在副作用。例如有研究发现氢气对人体的生理功能有一定影响，这些生理功能变化对健康人没有影响，但应用氢气产品帮助治疗疾病时需要考虑氢气对患病人群生理功能变化的影响问题。